Im Mai 1966 wurde in Schwarzsee die neue Kirche eingeweiht. Der Architekt Georges Schaller plante für das Bergdorf einen modern anmutenden Bau mit einer zeitgenössischen künstlerischen Ausstattung des Innenraumes. Beim Betreten der Kirche wird der Besucher von der besonderen Lichtstimmung gefesselt. Von oben einfallendes Licht stellt den Chorraum ins Zentrum der Aufmerksamkeit des Betrachters. Zur mystischen, im Verlauf der Tages- und Jahreszeiten immer wieder wechselnden Atmosphäre tragen aber besonders auch die Glasmalereien bei, die die Kirche mit farbigem Licht von hinten durchfluten.
Diese Kirchenfenster wurden vom Künstler Yoki Aebischer gestaltet und im Atelier Fleckner in Freiburg realisiert. Vier grosse Glasbilder zeigen in abstrahierter Weise geflügelte Wesen, Sinnbilder für die vier Evangelisten. Der Löwe steht für den Evangelisten Markus, ein Mensch für Matthäus, der Adler für Johannes und ein Stier für den Evangelisten Lukas. Gemäss dem katholischen Symbollexikon haben die Evangelistensymbole ihren Ursprung im alten Testament und in der antiken Mythologie. Die Babylonier verehrten die vier Gestirngottheiten Nergal (Flügellöwe), Marduk (Flügelstier), Nabu (Mensch) und Mimurta (Adler), die den Menschen am Tag und in der Nacht als Lichter dienen sollten. In den Eckfenstern rechts und links erstrahlen Sonne und Mond; sie nehmen das Thema der Gestirne auf und versinnbildlichen Licht und Finsternis im christlichen Glaubenskontext. "Der zunehmende Mond und die Sonne sind Symbole des Werdens und Wachsens, der Auferstehung und des ewigen Lebens" kommentiert Kaplan Gehard Baechler diese Sinnbilder.
Über der Eingangspforte befindet sich ein Fenster mit dem Antlitz von Christus; es nimmt Bezug zum Meditationsbild des heiligen Bruder Klaus, dem Kirchenpatron.
Yoki bediente sich in der Kirche Schwarzsee nicht, wie ein Jahr zuvor in der Kapelle im Schulhaus Lichtena, der traditionellen Bleirutenverglasung mit dünnen Antikgläsern; er schuf passend zum modernen Bau so genannte Betonfenster. Dicke Glasstücke werden in diesem, damals noch neuartigen Verfahren, durch einen Zementguss zusammengefügt.