Im Chor der Pfarrkirche befinden sich oberhalb des Hauptaltars drei beachtenswerte Glasmalereien von Albin Schweri. Sie stellen die drei Heiligenfiguren Petrus Canisius, Margareta von Antiochia und Niklaus von Flüe dar. Die schmalen, hohen Fenster zeigen jeweils in der Mitte die Vollfigur, sowie vier Szenen aus deren Lebensgeschichten. Das zentrale Fenster ist der Kirchenpatronin, der heiligen Margareta, gewidmet. Die Märtyrin wehrt sich im mittleren Bildteil mit Hilfe des Kreuzes gegen das Böse - hier bildhaft als Drache dargestellt. Die gläubige Frau wurde gemäss der Legende anlässlich der Christenverfolgung vor den Richter gestellt. Dieser interessierte sich jedoch wohl eher für die bildhübsche Jungfrau als für deren Glauben. Sein Begehren wurde aber von ihr zurückgewiesen, sodass er sie töten liess. Die beiden oberen Szenen im Margareta-Fenster zeigen sie vor dem Richter und deren Hinrichtung durch Enthauptung. Margareta ist die Schutzpatronin der Bauern und wird auch bei Schwangerschaft und Geburt als Nothelferin angerufen. Schweri lieferte die Entwürfe für drei weitere Glasbilder in der Kirche von Wünnewil. Im Chor entdeckt der Betrachter in den Seitenlichtern die sogenannten Handwerkerfenster. Sie zeigen die an der Konstruktion der Kirche beteiligten Bauleute. Schliesslich befindet sich in der Taufkapelle hinten links in der Kirche die Darstellung des Missionsbefehls. Christus schickt seine Jünger in die Welt hinaus mit der Aufforderung: Gehet hin in alle Welt, lehret alle Völker und taufet sie im Namen des Vaters und des Sohnes und des heiligen Geistes. (Mt 2819) Die schlichten, in Blautönen strukturierten Glasfenster im Kirchenschiff stammen vom Freiburger Künstler Henri Broillet (1891 – 1960). (BF)